Msida 校区（主校区）

Msida是马耳他大学的主校区（也称为Tal Qroqq）是大部分活动的举办地。

Rt. Hon. Duncan Sandys 于1964年9月22日为Msida校区的奠基，时任英联邦秘书长。Msida校园总面积为250207平方米。

Valletta 校区

Valletta校区是原有的老校区，其历史可以追溯到1592年成立的Melitense学院。

该校区目前是举办国际会议、研讨会、短期课程和暑期班的主要场所。它还是会议与活动部，  解决冲突研究与实践中心，研究、创新与发展信托基金会（RIDT）的所在地。

瓦莱塔校区有两个入口，一个在St Paul Street(圣保罗街)，另一个在Merchants Street(商业街)。

Gozo校区

马耳他大学Gozo校区的管理部门支持在Gozo举办兼职学位、文凭和短期课程，并满足越来越多在主校区学习的Gozo学生的需要。

该校区还有一个可以专门提供给公共讲座和研讨会的场所，并设有Güsten大气研究中心，该中心是理学院地球科学系的一部分。

Marsaxlokk校区

UM 可持续能源研究所的太阳能研究实验室位于Marsaxlokk校园。该项目利用了Marsaxlokk中现有的建筑物，包括两个实验室和另一个用作演讲室的小型建筑物。经过翻新的周围场地面积约为7000平方米。